薬剤師3年目の年収相場とは？リアルな「市場価値」と年収を上げる具体策

薬剤師として3年目を迎えると、日々の業務には慣れつつも、「今の年収は相場と比べて妥当なのか」「今後、どれくらい上がる見込みがあるのか」といった不安を感じやすくなるかもしれません。

調剤や服薬指導を一通り任されるようになり、即戦力として評価され始める一方で、年収は職場ごとに差が出やすい時期でもあります。

本記事では、厚生労働省の統計データや数多くの転職支援に携わるコンサルタントの見解をもとに、薬剤師3年目の年収相場とリアルな市場価値を整理しました。「今の年収は妥当なのか」「この先どうすれば年収を伸ばせるのか」といった疑問に対して、具体的な判断軸と年収アップにつながる行動を解説します。

• 薬剤師3年目の平均年収はどれくらい？
• 【業種別】薬剤師の年収比較
• 薬剤師3年目のリアルな給与明細
• 薬剤師3年目で年収が上がる人・上がらない人の違い
• 薬剤師3年目が抱きやすい年収の悩みとよくある質問
• 薬剤師3年目が年収を上げるためにできる行動
• 自分にとっての最適を見極めよう

薬剤師3年目の平均年収はどれくらい？

薬剤師として働き始めて3年目になると、新卒時と比べて基本給や賞与の金額が上がってきます。また、それに伴い、業態や職場環境による差が顕著になり始めやすくもあります。

ここでは、厚生労働省の統計データを踏まえながら、薬剤師3年目の平均年収について解説します。

薬剤師3年目の平均年収

厚生労働省が公表している「令和6年賃金構造基本統計調査」によると、薬剤師3年目の平均年収は、およそ493万円です。

薬剤師は国家資格職として初期の給与水準が比較的高めであるものの、勤務先の業態や役割、勤務地域によって大きく差が出るのも特徴です。

例えば調剤薬局、ドラッグストア、病院といった主な業種では、同じ3年目でも年収に50〜100万円程度の差が生じるケースがみられます。これは経験や役割に応じた手当・賞与が充実している傾向にある調剤薬局やドラッグストアに比べ、病院勤務は手当が限定的になりやすいことが主な要因です。

また、人材不足が深刻な地方では都市部より給与水準が高いなど、地域による条件差も存在します。平均年収はあくまで目安とし、自身の置かれた環境や業態差を理解した上で「なぜこの年収になっているのか」という背景を把握することが重要です。

薬剤師1年目との年収比較

厚生労働省が公表している「令和6年賃金構造基本統計調査」によると、薬剤師1年目（経験0年）と3年目（経験1～4年）の平均年収は以下のとおりです。

※厚生労働省「令和6年賃金構造基本統計調査」の「職種（小分類）、性、経験年数階級別所定内給与額及び年間賞与その他特別給与額（産業計）」の企業規模別における「所定内給与」12か月分に、「年間賞与その他特別給与額」を足した金額を算出

薬剤師3年目と1年目を比べると、年収の伸びは「緩やかに上昇する傾向」にあります。ただし、これは統計上の「経験年数1〜4年」程度の年次層での平均年収を参考にしたものであり、実際の給与に幅がある点には注意しましょう。

1年目では、薬剤師は国家資格が必要な職であることから、そうではない職種に比べて初年度の年収が高めに設定されるケースが多く、20代前半でも400万円前後からスタートすることが多いです。

経験を1〜2年重ねると、基本給や賞与額のアップなどによって、1年目と比べて総年収が上昇する傾向があります。統計上でも経験年数が増えるごとに年収は段階的に上がる傾向が確認でき、20代後半から30代にかけて平均年収がアップしやすいです。

昇給は多くの職場で年1回程度行われ、月給ベースで数千円から一万円程度の基本給アップが一般的です。また3年目になると、薬剤師として一通りの調剤・服薬指導だけでなく、在宅医療や専門的な役割を任されるケースも増え、これが評価につながり年収に反映されることがあります。

ただし昇給幅や手当の付け方は勤務先次第で差が大きいため、同じ3年目でも年収にばらつきが生じやすい点は理解しておくとよいでしょう。

男女差・年齢階級別の傾向

次に、男女別での薬剤師の平均年収を比較します。

※厚生労働省「令和6年賃金構造基本統計調査」の「職種（小分類）、性、経験年数階級別所定内給与額及び年間賞与その他特別給与額（産業計）」の企業規模別における「所定内給与」12か月分に、「年間賞与その他特別給与額」を足した金額を算出

薬剤師の年収には男女差が見られますが、その背景には「働き方の選択」の違いが大きく影響しています。統計上、初年度から男性の方が年収が高い傾向にありますが、これは全国転勤可能な区分やラウンダー勤務、夜勤・残業が多いシフトなどを男性が選択する比率が高く、それに伴う手当や福利厚生の差が要因として推測されます。

さらに年数を重ねると、男性は管理薬剤師やエリアマネージャーなどの役職に就く割合が高まる一方で、女性はライフイベントに合わせて時短勤務や契約社員など、柔軟な働き方へシフトするケースも増えてきます。こうしたキャリア選択の違いが、結果として統計上の年収差に現れていると言えるでしょう。

薬剤師と他の医療職との比較

他の医療職の3年目（経験1～4年）と比較した薬剤師の平均年収は以下の通りです。

※厚生労働省「令和6年賃金構造基本統計調査」の「職種（小分類）、性、経験年数階級別所定内給与額及び年間賞与その他特別給与額（産業計）」の企業規模別における「所定内給与」12か月分に、「年間賞与その他特別給与額」を足した金額を算出

薬剤師の平均年収は493万円であり、医療職の中でも高水準に位置しています。医師や歯科医師といった一部の職種を除けば、多くの医療専門職が300万円台〜400万円台からスタートするなか、薬剤師はキャリアの早い段階で安定した高年収を得られる職種であると言えます。

【業種別】薬剤師の年収比較

病院・調剤薬局・ドラッグストア・企業では、給与テーブルや勤務体制、経営母体の規模などの違いから、年収水準や昇給ペースにも違いがあります。

ここでは、各業種の平均年収と傾向について解説します。業種ごとの平均年収を知ることで「今の職場に居続けた場合、将来どこまで年収が伸びるのか」を判断するためのひとつの指標となるでしょう。

薬剤師が働く主な業種の平均年収ランキングは以下の通りです。

※2025年12月時点のファルマスタッフ掲載求人をもとに、上限年収の平均値を算出しています。

ドラッグストア

ドラッグストアは全業種の中で最も平均年収が高く、622万円です。

この高水準の背景には、調剤報酬だけでなく、OTC医薬品や日用品の販売による高い利益率を得られることが要因として挙げられます。
特に調剤併設型は、医療用医薬品の専門性と物販の収益性を兼ね備えているため、給与への還元率が高くなる傾向にあります。

企業

企業薬剤師の平均年収は605万円と高水準で、職種によってはさらに高い年収を得られる場合もあります。また大手製薬会社の場合は福利厚生が充実していることや、経営基盤が安定している傾向にあることから、高収入に繋がりやすいと言えます。

ただし、求められるスキルや適性は高く、調剤経験だけでなくコミュニケーション力や専門知識が重視される点は注意が必要です。募集数も多くはないため、選考ハードルが高い業種であることも理解しておく必要があります。

調剤薬局

調剤薬局の平均年収は593万円ですが、実際の年収は企業規模や、地域支援体制加算・後発医薬品調剤体制加算など各種加算をどの程度算定できる体制かによって大きく異なります

大手チェーンでは、設備投資や研修制度、店舗展開への内部留保が必要なため、昇給率は緩やかになる傾向があります。しかし、福利厚生や雇用の安定性がある場合も多いでしょう。

一方、中小・個人薬局では大規模な設備投資が少ない分、人件費に費用を回せる場合があり、大手よりも高い年収提示が可能なケースがあります。「設備が最新でない場合がある」という懸念がある場合もありますが、「個人の頑張りや地域支援体制加算などへの貢献が給与に還元されやすい」といった環境もあるでしょう。

病院・クリニック

病院・クリニックの平均年収は532万円と、他業種と比較して低めな傾向にあります。

これは、病院経営が診療報酬や公費で運営されていることから、利益構造上、人件費を大幅に引き上げることが難しいためです。

「当直や夜勤があり、給与の伸びも緩やか」という側面はありますが、「がん専門薬剤師」や「認定薬剤師」といった資格を取得することで、将来的にスペシャリストとしての希少価値を高める経験を得られる可能性があります。長期的なキャリア安定性を確保できるという点は、病院勤務ならではの強みと言えるでしょう。

薬剤師3年目のリアルな給与明細

ここでは、実際に働く薬剤師3年目の給与明細をもとに、月給や各種手当、想定年収までを具体的に紹介します。統計データだけでは見えにくい「現場のリアル」を知り、今のご自身の給与水準を客観的に確認してみてください。

正社員の給与明細

調剤薬局で勤務する薬剤師3年目・正社員の給与モデルは以下のとおりです。

3年目になると一通りの調剤業務や服薬指導を任されるようになり、職場内では「一人前」として扱われ始めるケースが多いです。即戦力として評価されますが、管理業務や在宅対応、後輩指導などを本格的に担うにはまだ早く、責任と裁量はまだ限定的と言えます。年収は新卒時より着実に上昇するものの、業態や各種手当の有無による差が現れやすいという特徴があります。

しかし、他業種と比較しても、若手の段階から一定水準が担保されやすい薬剤師の年収は、振れ幅が小さく、安定性が高いことがメリットです。そのため、薬剤師の年収は成果主義の職種のように一気に跳ね上がるというよりも、基本的には経験年数に応じた緩やかな上昇曲線を描く傾向にあります。

これらを踏まえると、現在の年収が450万円程度であれば、調剤薬局勤務の薬剤師3年目としては概ね妥当なラインと言えるでしょう。平均年収の493万円という数値は、給与水準が高いドラッグストアも含まれているため、調剤薬局や病院勤務であれば450万円は標準的な水準です。ここから先こそが「どの業務を担えるか」「どのような付加価値を提供できるか」によって年収差がついてくるフェーズとなります。

パートの給与明細

以下は、調剤薬局で勤務する薬剤師3年目・パートの給与明細をもとにしたモデルケースです。

時給2,100円で週4日・1日7〜8時間程度勤務したこのケースでは、月収は約27万円となり、年収ベースでは約327万円がひとつの目安となります。賞与に関してはパート薬剤師の場合、支給されないケースが多いでしょう。

3年目でパート勤務を選択する薬剤師は、結婚や育児、家庭の事情など、フルタイム勤務が難しいライフステージにあるケースが多く見られます。年収だけで単純比較すると正社員より低くなりますが、勤務時間あたりの賃金水準は他職種のパートと比べて高水準である点が特徴です。

また、正社員として働きながら日曜日のみパート勤務を行うなど、ダブルワークの場合には高時給案件が見られることもあります。働き方の自由度を活かせば、ライフスタイルを優先しつつ、効率的に収入を確保することも可能です。

パート薬剤師の年収は「勤務時間×時給」で決まるため、自身の生活状況に合わせて収入をコントロールしやすい働き方と言えるでしょう。

薬剤師3年目で年収が上がる人・上がらない人の違い

薬剤師3年目になると、周囲の薬剤師と比較した時に「同じ年数働いているはずなのに、年収に差が出てきた」と感じる人もいるでしょう。その違いは能力差のみではなく、どんな経験を積んでいるか、どの環境で働いているかにも起因しています。

評価されやすい業務や役割を任されている人がいる一方で、昇給や手当の仕組みが限られた職場では、努力が収入に反映されにくい構造があるのも事実です。

ここでは、薬剤師3年目で年収が上がる人・上がりにくい人の違いについて、以下の項目で解説します。

• 年収が上がりやすい経験
• 年収が伸びにくい環境
• 勤務地・働き方で収入が変わる場合がある
• 転職で上がりやすいケース・上がりにくいケース

年収が上がりやすい経験

薬剤師3年目で年収が上がりやすい人の多くは、日常業務に加えて評価されやすい経験や役割を意識的に積んでいる傾向にあります。

代表的なものでは、在宅医療や施設対応、算定加算に関わる業務、後輩指導やチームのまとめ役といったポジションです。これらは「業務負担が増える＝責任が重くなる」分、職場内での評価や手当、賞与に反映されやすい要素となります。

また、専門分野への理解が深い、特定業務を継続的に任されているといった状態は、転職市場でも「即戦力」として評価されやすく、年収交渉の材料になります。

3年目という早い段階から「どんな経験が年収につながるか」を意識できているかどうかが、数年後の年収差を大きく左右すると言えるでしょう。

年収が伸びにくい環境

昇給制度が年功序列で固定されている職場や、役職やキャリアステップが限定されている環境では、3年目以降も年収がほぼ横ばいになるケースが少なくありません。

どれだけ業務量が増えても、評価基準が曖昧だったり、手当がほとんど用意されていなかったりすると、収入に反映されにくくなります。

また、小規模な職場ではポジションが空かず、管理薬剤師やリーダー職に就くチャンスが限られている場合もあります。このような環境では、「このまま働き続けると年収はどれくらいまで上がるのか」という点を早めに見極めることが重要です。

勤務地・働き方で収入が変わる場合がある

薬剤師の年収は勤務地や働き方に大きく左右されるため、同じ3年目でも、選ぶ環境次第で年収に大きな差が生じます。

特に地方や郊外など、人材確保が難しい地域では、地域手当や薬剤師手当、住宅補助などが手厚く設定されていることが多く、都市部よりも平均年収が高くなるケースも珍しくありません。

また、正社員に限らず、応援勤務やエリア限定勤務、期間限定の高時給求人など、働き方を工夫することで収入を高める選択肢もあります。そのため、「今の勤務地・働き方が本当に自分の希望に合っているか」を見直すことが、年収アップの現実的な手段になる場合もあります。

転職で上がりやすいケース・上がりにくいケース

薬剤師3年目は、転職によって年収を上げやすいタイミングのひとつです。ドラッグストアや在宅特化型薬局、企業薬剤師など、もともと年収水準が高い業態へ移る場合は、年収数十万円程度のアップが期待できるケースがあります。

特に人材不足の地域では、需給バランスの関係から条件交渉がしやすい点も特徴です。

一方で、転職先の「給与規定」や「評価基準」を確認せずに決めてしまうと、思ったほど年収が上がらなかった、といったことにもなりかねません。特に同業種への転職では、もし転職先の中途採用初任給の設定が、前職で昇給を重ねた現在の給与を下回ってしまうと、一時的な年収ダウンというリスクが発生します。このようなリスクを回避するためには、前職の年収をベースに交渉することや、昇給率の高い職場を選ぶことがポイントとなります。

こうした基本給の交渉や、賞与に関する特例措置などをご本人に代わって企業側に交渉できるのが転職コンサルタントの強みです。言い出しにくい条件交渉を転職コンサルタントに委ねることで、ご自身は純粋なスキルや熱意のアピールに専念できます。この「役割分担」こそが、待遇面でも妥協しない転職を実現させるための秘訣です。

薬剤師3年目が抱きやすい年収の悩みとよくある質問

薬剤師として働き始めて3年目になると、日々の業務には慣れてきた一方で、「この年収は妥当なのか」「このまま働き続ければ本当に上がるのか」「転職したほうがいいのではないか」といった不安を感じやすくなります。

ここでは、薬剤師3年目が特に抱きやすい年収に関する疑問について、判断の軸となる考え方を解説します。

「今の年収は妥当？」という不安

一般的に、薬剤師3年目の平均年収は490万円前後と言えますが、この数字から大きく外れていなければ、平均的であると考えてよいでしょう。

ただし、平均値だけを見て単純に「低い」「高い」と判断するのは適切ではありません。判断する際は、勤務先の業態や、現在担っている役割や業務内容、昇給や手当の仕組み等を複数の視点から見ることが重要です。

平均よりやや低くても、今後の昇給が見込める環境であれば、必ずしも問題とは言えないでしょう。数字だけに振り回されず、自分の立ち位置や職場環境を多角的に捉えることが大切です。

「このまま働いていれば上がる？」将来の昇給見通し

「今は低くても、いずれ年収は上がるはず」と考える人も多いですが、昇給の伸び方は勤務先によって大きく異なります。

弊社コンサルタントが伺った「現場のリアルな声」を紐解くと、特に昇給に関する質問は男性から多い傾向があり、「毎年昇給があるのか」「昇給額はいくらか」「昇給率はどの程度か」といった点が気になるポイントとして挙げられました。

実際には、年1回の定期昇給があっても、昇給額は月数千円程度にとどまる職場も少なくありません。この場合、年収は緩やかにしか伸びず、「思っていたほど上がらない」と感じやすくなります。

年収が上がりやすい職場には、管理薬剤師や店長、エリア管理といった役職ルートが用意されていることが多く、役割の変化に応じたモデル年収が明確です。一方で、役職が限られている職場では、在宅医療への関与や加算業務、専門性の高い分野への取り組みなどが、昇給や評価につながるか、という点が重要になります。

そのため、「このまま上がるかどうか」は、個人の頑張りだけではなく、昇給の仕組みがあるかどうかでも判断するのがポイントです。

「残業代は年収にどう影響する？」手当の仕組みは

年収を考えるうえで見落とされがちなのが、残業代や各種手当の扱いです。

「令和6年賃金構造基本統計調査」によれば、薬剤師の「残業時間（超過実労働時間数）」は8時間です。残業代の年収への影響を考えた場合、「1分単位で支給されるか」「固定残業代として含まれているか」は大きなポイントとなります。

また、一般的に賞与は「基本給」をベースに算出されることが大半です。そのため、一見すると月収が高く見えても、その内訳が「基本給」よりも「各種手当」に偏っている職場では、賞与額が想定よりも伸びないケースがあります。「今の会社では出ないが、他社では支給される手当がある」というケースも珍しくないため、年収を比較する際は、総額だけでなく内訳まで確認することが重要です。

「転職すべき？」年収アップにつながる判断基準

薬剤師3年目は、「今の年収が妥当かどうか」を判断しづらく、将来への不安を感じやすい時期です。

実際、昇給カーブは職場によって大きく異なるため、現時点の年収だけで判断するのは難しい面があります。ただし、いくつかの判断基準を押さえておくことで、転職を検討すべきかどうかが見えやすくなります。

例えば、

• 昇給カーブが業界平均を大きく下回っている
• 役割や業務内容が数年変わっていない
• 将来的なポジションが見えない

といった環境では、転職によって年収アップにつながるケースも少なくありません。

特に、もともと年収水準が高い業態や人材不足の地域では、3年目でも条件改善が期待できることがあります。迷ったときは、「今の職場で年収が上がる道筋が見えるか」を基準に考えると判断しやすくなります。

薬剤師3年目が年収を上げるためにできる行動

薬剤師3年目は、目の前の仕事をこなすだけでなく、今後どの方向にキャリアを積んでいくかを意識することが重要です。ここでは、薬剤師3年目が年収アップを目指すうえで押さえておきたいポイントについて、専門性・役割・働く環境という視点から解説します。

専門性の高い経験を積む

薬剤師3年目で年収を上げていくためには、単に調剤業務をこなすだけでなく、これからの医療現場で求められる役割を担えるかどうかが重要になります。

その代表例が、かかりつけ薬剤師、在宅医療の専門家、専門・認定薬剤師といった専門性の高いポジションです。

マネジメント経験を積む

年収を大きく引き上げたいと考える場合、マネジメント経験を積むかどうかは重要な分岐点になります。管理薬剤師や店舗責任者といった立場になると、業務範囲が広がり、責任も増えますが、その分、役職手当や評価が加わり、年収が一段階上がるケースが多くなります。

在庫管理や発注業務、スタッフの教育、シフト調整など、日常業務の中で店舗運営に関わる経験を積んでおくことで、職場内だけでなく転職時にも評価され「即戦力として任せられるかどうか」の判断材料になることもあるでしょう。マネジメント経験は、専門性とは別の角度から市場価値を高め、年収アップにつながる要素のひとつと言えます。

勤務地を変える

薬剤師の年収は、個人のスキルや経験だけでなく、勤務地や地域によっても大きく左右されます。

同じ業務内容であっても、人材不足の地域や在宅医療のニーズが高いエリアでは、より高い条件が提示されることがあります。3年目は、転職市場において「一通りの業務ができる即戦力」として評価されやすく、勤務地を変えることで年収アップを実現しやすいタイミングでもあります。

現在の職場で昇給幅が小さく、将来的なポジションが見えにくいと感じる場合は、環境を変えることで状況が好転する可能性があります。ただし、単純に年収だけを見るのではなく、自身が身につけたい専門性やキャリアの方向性と合っているかを見極めることが重要です。

自分にとっての最適を見極めよう

薬剤師3年目の年収は、おおよそ490万円前後がひとつの目安とされますが、その内訳や将来の伸び方は、勤務先の業態や役割、評価制度によって大きく異なります。

数字だけを見て高い・低いと判断するのではなく、「今の職場で年収アップの道筋が描けるか」「自分の経験が市場でどう評価されるか」を冷静に見極めることが重要です。

3年目は、専門性を深める、管理経験に近づく、働く環境を見直すなど、将来の年収を左右する選択肢が広がるタイミングでもあります。今の年収に不安を感じたときこそ、自分の市場価値を客観的に捉え、どんな経験を積むべきかを考えることが、5年後・10年後の収入差につながります。焦らず、しかし立ち止まりすぎず、自分にとって最適なキャリアと年収の伸ばし方を選んでいきましょう。

医療業界人材に特化したファルマスタッフでは、転職を希望する薬剤師の方一人ひとりと真摯に向き合い、全国の調剤薬局・病院・ドラッグストア・企業等の勤務先から、当社が持つ豊富な求人情報と地域ネットワークを駆使して希望に合った職場を無料でご提案します。

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